In quest'angolo appartato delle Alpi; incastonato tra montagne e mare e tra l'Italia e la Francia, nel Medioevo esisteva uno staterello indipendente: la Contea di Tenda. La signoria dei Lascaris di Tenda, ramo della famiglia dei conti di Ventimiglia, resse la Contea dalla metà del Duecento alla fine del Cinquecento, riuscendo a destreggiarsi tra vicini potenti (Angioini e Savoia) grazie ad una intelligente trama di rapporti politici e di parentela. Correva la metà del duecento quando i conti Pietro Balbo e Guglielmo Pietro di Ventimiglia diedero vita al vero e proprio stato indipendente della Contea di Tenda, costruendo il castello, di cui ora non si vedono che le rovine sovrastanti l'abitato della cittadina. Guglielmo Pietro, che ottenne in sposa nel 1269 la potente Eudossia Lascaris, figlia dell'imperatore d'oriente, acquisì il diritto di tramandare ai propi discendenti il nome e lo stemma dei Lascaris. La parte principale della Contea era costituita dai comuni di Tenda, Briga, Limone e Vernante, senza dimenticare diversi altri possedimenti quali Maro, Prelà e Castellar. A Vernante e Briga (oggi La Brigue) sono ancora visibili i resti dei castelli appartenuti ai signori di Tenda. Il centro, non solo geografico, della Contea era rappresentato dal Colle di Tenda, punto fondamentale di passaggio per le popolazioni al di quà ed al di là delle Alpi, nonchè per il trasporto delle merci: i Lascaris derivavano gran parte del loro potere economico e politico, dalle gabelle che ponevano sui passaggi del Colle. Sotto Onorato il Grande, a metà del quattrocento, la Contea raggiunse il massimo momento di espansione e di splendore, contrastando efficacemente le mire dei Savoia, questi infatti tramavano per raggiungere il controllo della Contea, in special modo a partire dal 1388, anno in cui il "Conte Rosso" Amedeo VII acquisì Nizza e la sua Contea, fornendo ai domini sabaudi lo sbocco sul mare.
In questa occasione i Savoia riuscirono ad acquisire alcuni diritti su Limone e Briga, ma ciò non li distolse dal disegno di impadronirsi dell'intera Contea di Tenda, per poter così assicurare la libera circolazione degli uomini e delle merci tra Nizza e Piemonte.
Sul nome di Limone, antico borgo situato in una bella conca ai piedi della Punta Buffe (1531 m.), alla confluenza dei torrenti Vemenagna e S.Giovanni, gli studiosi di lingue e gli storici hanno fornito molte interpretazioni. Secondo alcuni deriverebbe dalla parola greca leimon (luogo erboso), il che proverebbe la penetrazione dei greci nella regione; secondo altri dalla voce dialettale li munt (i monti); per altri ancora, ma pare l'ipotesi meno probabile, dal frutto o dalla pianta del limone. La spiegazione più soddisfacente é tuttavia quella che fà derivare il nome dal termine celtico limos (olmo); di qui limonun, ossia "luogo degli olmi". Il nome Limone compare per la prima volta in un documento ufficiale soltanto nel 1198, ma il paese esisteva già in epoca romana, con la probabile funzione di stazione di sosta lungo la strada che scavalcava la dorsale alpina in corrispondenvza del Colle di Tenda. Di questa strada permangono a tutt'oggi alcuni tratti con l'originaria lastricatura romana, nei pressi della frazione di Limonetto. All'inizio del X secolo (906 d.C.) Limone avrebbe subito gravissime distruzioni, in seguito alle scorrerie dei saraceni. Dal 1205 Limone si affermò come libero comune, alleato dei marchesi di Saluzzo. Nella seconda metà del secolo passò sotto l'influenza degli Angioini, le cui truppe occuparono il paese dal 1266 al 1275. Negli anni sucessivi, Limone cadde in potere dei conti di Ventimiglia, i Lascaris, entrando a far parte del territorio della Contea di Tenda. Ciò apportò al paese notevoli benefici economici, anche in virtù delle predazioni, autorizzate dai conti, delle carovane in transito. Nella seconda metà del XVI secolo Limone, assieme a Tenda, entrò a far parte dei domini di casa Savoia. Limone Piemonte deve la sua importanza, sin dall'epoca romana, come abbiamo visto, alla sua posizione geografica sulla principale via di comunicazione tra il Piemonte e la Costa Azzurra. Ancora a metà del XIX secolo, una delle principali attività delle famiglie limonasche, oltre alla coltivazione dei campi ed all'allevamento, era costituita proprio dal trasporto di persone e mercanzie tra Limone e Tenda, reso più agevole nel 1782 dalla realizazione della prima strada carrozzabile delle Alpi.
L'apertura del traforo stradale (1882), il primo dell'arco alpino, e la costruzione della tratta ferroviaria tra Cuneo e Limone, inaugurata nel 1891, contribuirono a rendere noto il paese come località di soggiorno e villeggiatura estiva, tra le prime in Italia.
Con il prolungamento della ferrovia sino a Nizza (servizi regolari a partire dal 1928) e sopratutto con lo sviluppo degli sport invernali, Limone divenne località nota a livello internazionale. Lo sviluppo del turismo estivo ed invernale, con la costruzione degli impianti di risalita (nel 1937 venne messo in funzione il primo impianto la funislitta dal traforo di Tenda alla Cima Gherra e alla fine del 1938 entrò in funzione un secondo impianto, la slittovia dal Campo Principe allla Cima Feit) determinò, in particolare a partire dal secondo dopoguerra, una notevole espansione urbanistica, al di fuori del perimetro del vecchio borgo, con la costruzione di complessi residenziali anche nelle vicinanze delle piste da sci, nei pressi delle frazioni di Panice e Limonetto.
Negli anni '90 la località ha risentito di una crisi di presenze, ma con l'ammodernamento degli impianti del comprensorio sciistico e l'iniziativa di alcuni privati si presenta come una pregevole meta per le vacanze, sia invernali che estive, forte anche di una varietà di percorsi per il trekking e/o la mountain-bike.